- Une mission opérationnelle : elle consiste à conduire sur le territoire de Djibouti ou dans la sous région, des missions opérationnelles allant du combat de haute intensité à de la gestion des crises. Conduites au sein d'un Groupement Tactique Interarmes, ces missions obligent le régiment à adopter un état de vigilance permanent, et un niveau de réactivité élevé. Le régiment doit être également capable de s'engager dans une manœuvre interarmées, et dans un contexte multinational.
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- Une mission d'entraînement : s'appuyant sur des espaces de manœuvres extraordinaires, des moyens interarmées multiples, et sur son Centre d'Entraînement au Combat d'Arta, la 13ème Demi-brigade de Légion étrangère constitue le creuset de l'aguerrissement en zone désertique et du combat de contre guérilla des unités tournantes venant de métropole.
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- Une mission de coopération régionale : au titre de la mission de coopération régionale des Forces Françaises stationnées à Djibouti, la 13ème Demi-brigade participe à des détachements d'instruction opérationnelle au profit des pays de la zone de partenariat du commandement des FFDJ ( Ouganda, Yémen, Ethiopie, Kenya, Soudan, Somalie, Erythrée).